一、儀器在穩定性上的區別
國產氣相色譜儀的生產水平的技術已經十分高了，國產氣相色譜儀產品如本公司的gc1620能與進口商品不分上下，某些性能還處于水平，包括以前國產氣相色譜儀在計算機反控的不足現在也已得到了解決。進口儀器一般正常使用一年沒有問題。而如果國產儀器穩定性好的品牌，各方面性能也是相當出色的。氣相色譜儀也并不是進口名廠的就，各家的色譜都存在不同程度的問題，惠普和島津色譜在進口色譜中占的比例很大，但他們的儀器也都存在問題，惠普的FID檢測器在結構上不太理想，常出現積水、難點火、檢測器基流過大現象。島津色譜在氣路設計上死體積過大。
二、儀器價格、配件價格的區別
進口氣相色譜儀一般價格在10萬以上，配置好的可能有幾十萬、上百萬。國產一般配置氣相色譜儀主機一般在四萬至六萬、氦離子檢測器的大概三十萬。儀器維修時配件的價格也是要考慮的因素，進口的配件相對價格要高很多。 進口儀器價格貴，當然質量有保證，很多功能升級，但如果你是企業，分析條件固定，買自動化程度太高的儀器必要性不大，這樣一來許多性能用不到，等于白花錢。故很多高等院校、研發室及企業都在用國產氣相色譜儀。
三、售后、培訓比較
售后、培訓比較 一般儀器質保一年，一年后出了問題，色譜操作人員們便頭疼，急忙打售后。進口儀器的價格是國產的幾倍甚至十幾倍，而保修期后的維修費非常高。許多進口儀器一過保修期就來毛病了，因為許多用于自動化控制的精密的零部件到那時就得換了，而且很不方便。國產廠家維修起來性價比相對要好，而且上門維修相對方便。維修費用也低。 另外，一般廠商都會組織經銷商、用戶學習儀器相關知識，對色譜儀的操作進行培訓。
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